微生物與他們活的和死的環境之間的相互關係的研究。微生物種群都能夠容忍，並根據不同的環境條件，包括生境與極端環境條件如溫泉，增長鹽湖泊和深海熱液噴口。一些微生物，稱為極端微生物，只在通常被認為是敵對的生活條件下成長。Archaebacteria （古） 有很多的極端微生物生長在高溫、 高鹽度下低 ph 值的。環境因素控制微生物生長和存活提供了深入瞭解在自然界中，微生物的分佈和微生物生態學中的很多研究都很關心審查允許特定微生物物種特別功能生境的自我調整功能的理解。