食品中微生物的存在是自然的和不可避免的發生。一般烹煮可殺死大多數的有害細菌，但煮的食品，準備吃的加工的食品，微加工的食品可以包含有害細菌是嚴重的健康威脅。肉、 乳製品、 家禽產品是重要儲層的食源性致病菌，包括 沙門氏菌、 彎曲桿菌、 李斯特菌、 大腸桿菌 o157: h7 的很多。動物副產品，如飼料補充劑，還可以傳輸 （例如，沙門氏菌 和牛海綿狀腦病） 的食用動物的病原體。海鮮是另一個潛在的食物源性病原體，如 弧菌、 李斯特菌、 來源和許多這些病原體的肝炎 A.傳染性劑量是很低 (~ 10 細菌細胞），增加脆弱性的老人、 嬰兒和患有免疫缺陷或器官移植。