基因結構與功能的細菌的研究。本身的遺傳學與確定的數量、 位置和字元的一種微生物的基因有關。古典方法調查基因是後代的不同基因型的兩種生物交配和比較與家長可觀察到屬性 (表型)。（在通常的方式），不做交配細菌，所以是沒有出路的所有的染色體的兩個不同的細菌進入相同的儲存格。不過，有很多方法，以便可以研究成果染色體或從一個細菌基因組的一部分可以插入到另一個細菌。