微生物与他们活的和死的环境之间的相互关系的研究。微生物种群都能够容忍，并根据不同的环境条件，包括生境与极端环境条件如温泉，增长盐湖泊和深海热液喷口。一些微生物，称为极端微生物，只在通常被认为是敌对的生活条件下成长。Archaebacteria （古） 有很多的极端微生物生长在高温、 高盐度下低 ph 值的。环境因素控制微生物生长和存活提供了深入了解在自然界中，微生物的分布和微生物生态学中的很多研究都很关心审查允许特定微生物物种特别功能生境的自适应功能的理解。