Sự hiện diện của vi sinh vật trong thực phẩm là một sự xuất hiện tự nhiên và không thể tránh khỏi. Nấu ăn thường phá hủy hầu hết các vi khuẩn có hại, nhưng chưa nấu chín thực phẩm, thực phẩm chế biến đã sẵn sàng để ăn và thực phẩm chế biến tối thiểu có thể chứa các vi khuẩn có hại là mối đe dọa sức khỏe nghiêm trọng. Thịt, sữa, và sản phẩm gia cầm là hồ chứa quan trọng đối với nhiều người mầm bệnh thực phẩm-borne, bao gồm cả Salmonella, Campylobacter, Listeria, và Escherichia coli O157: H7. Sản phẩm động vật, chẳng hạn như nguồn cấp dữ liệu bổ sung, cũng có thể truyền tải tác nhân gây bệnh cho động vật thực phẩm (ví dụ, Salmonella và bò spongiform encephalopathy). Hải sản là một nguồn tiềm năng của thực phẩm-borne mầm bệnh, ví dụ như Vibrio, Listeria, và viêm gan A. Infectious liều của nhiều người trong số các tác nhân gây bệnh là rất thấp (tế bào vi khuẩn ~ 10), tăng các lỗ hổng của người cao tuổi, trẻ sơ sinh và những người bị thiếu hụt miễn dịch hoặc cơ quan transplants.