İkinci adım: çoğu atık arıtma sistemlerinde sırasında bakteri atıkların organik kısımlarını tüketirler. Bu kanalizasyon, bakteri ve oksijen trickling filtreler veya bir aktif çamur süreci içinde buluşturan tarafından gerçekleştirilir. İkincil arıtma, tüm kayan ve görevi katılar ve yaklaşık 90 yüzde oksijen gerektiren maddeler ve asma katı kaldırır. Dezenfeksiyon tarafından yılında ikincil arıtma işlemi son aşamasıdır. Görmek de üçüncül arıtma.