การศึกษาของ interrelationships ระหว่างจุลินทรีย์และสภาพแวดล้อมของพวกเขาใช้ชีวิต และ nonliving Microbial ประชากรจะสามารถอดทน และการเติบโตภายใต้สภาพแวดล้อม รวมทั้งสรรค์กับสภาพแวดล้อมที่สุดเช่นน้ำพุร้อน varying เกลือ lakes และ deep-sea ร้อน vents จุลินทรีย์บาง เรียกว่า extremophiles เติบโตเท่านั้นภายใต้เงื่อนไขที่มักถือเป็นศัตรูกับชีวิต Archaebacteria (อาร์เคีย) มี extremophiles มากที่เติบโตที่อุณภูมิสูง salinities สูง และต่ำ pH ทำความเข้าใจเกี่ยวกับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมการควบคุม microbial เติบโตและอยู่รอดให้มองลึกลงไปการกระจายของจุลินทรีย์ในธรรมชาติ และศึกษาจำนวนมากใน microbial นิเวศวิทยาเกี่ยวข้องกับการตรวจสอบคุณลักษณะที่อนุญาตให้ต้นไม้ microbial ทำเฉพาะสรรค์ แบบอะแดปทีฟ