Förekomst av mikroorganismer i livsmedel är en naturlig och oundviklig förekomst. Matlagning i allmänhet förstör de flesta skadliga bakterier, men svampiga livsmedel, bearbetade redo att äta livsmedel och minimalt bearbetade livsmedel kan innehålla skadliga bakterier som är allvarliga hälsohot. Kött, mejeriprodukter, och fjäderfäprodukter utgör viktiga reservoarer för många av livsmedelsburna patogener, inklusive Salmonella, Campylobacter, Listeria och Escherichia coli O157:H7. Animaliska biprodukter, som foder tillägg, kan också överföra patogener i livsmedel djur (till exempel Salmonella och bovin spongiform encefalopati). Fisk och skaldjur är en annan potentiell källa till livsmedelsburna patogener, såsom Vibrio, Listeria, och är mycket låga, hepatit A. smittsam doser av många av dessa patogener (~ 10 bakterieceller), ökar sårbarheten hos äldre, barn och personer med immunologiska brister eller orgel the transplants.