Prisotnost mikroorganizmov v živilih je fizična in neizogibnih pojav. Na splošno kuhanje uničuje večina škodljivih bakterij, vendar manj kuhano živila, predelane hrane za jesti in minimalno predelanih živil lahko vsebujejo škodljivih bakterij, ki so resne zdravstvene nevarnosti. Mesa, mleka, in perutninskih proizvodov so pomembno rezervoarji za mnoge alimentarnih patogenov, vključno s salmonelo, Campylobacter, Listeria in Escherichia coli O157:H7. Živalski stranski proizvodi kot krmni dodatki, lahko posredujejo tudi patogenov za prehrano živali (na primer salmonele in goveje spongiformne encefalopatije). Seafood je drugi potencialni vir alimentarnih patogenov, kot so Vibrio, Listeria, in hepatitisa A. infekcijskim odmerkov veliko teh patogenov so zelo nizko (~ 10 bakterijskih celic), povečujejo ranljivost starejših, dojenčkov in ljudi z imunološkimi pomanjkljivosti ali organa presaditev.