Mikroorganismus pārtikas klātbūtne ir dabas un nenovēršama notikuma. Cooking parasti iznīcina lielāko daļu kaitīgo baktēriju, bet apstrādāta pārtika, apstrādātu gatavs ēst pārtiku un minimāli pārstrādes produktos var būt kaitīgas baktērijas, kas ir nopietnu veselības apdraudējumu. Piena, gaļas un mājputnu produkti ir svarīgi rezervuāri, daudziem pārtikas izraisītām patogēnu, ieskaitot salmonellu, Campylobacter, Listeria un Escherichia coli O157: H7. Dzīvnieku izcelsmes blakusprodukti, piemēram, barības piedevas, arī pārraidīt patogēnu, pārtikas dzīvniekiem (piemēram, Salmonella un govju sūkļveida encefalopātijas). Seafood ir vēl viens potenciāls avots pārtikas izraisītām patogēnu, piemēram Vibrio, Listeria, un ir ļoti zemu hepatīta. infekcijas devas, daudzi šie patogēni (~ 10 baktēriju šūnās), palielinātu neaizsargātību, vecāka gadagājuma cilvēku, zīdaiņiem un cilvēkiem ar imunoloģisko trūkumiem vai orgānu transplantātiem.