Mikroorganizmai, maisto yra fizinis ir neišvengiamas atsiradimą. Virimo paprastai griauna dauguma kenksmingų bakterijų, bet ne visai išvirta maisto produktams, perdirbtiems paruoštos valgyti maisto produktams ir minimaliai perdirbtų maisto produktų gali būti kenksmingi bakterijų, kad yra rimtų grėsmių sveikatai. Mėsos, pieno, ir paukštienos produktai yra svarbu rezervuarų daugeliui maisto perduodamų patogenų, įskaitant salmonelių, Campylobacter, Listeria ir Escherichia coli O157:H7. Gyvūninės kilmės šalutinius produktus, pvz., pašarų priedai, taip pat gali perduoti patogenų maisto gyvūnams (pvz., Salmonella ir galvijų spongiforminės encefalopatijos). Seafood kitą galimą šaltinį su maistu plintančių ligų sukėlėjų, pavyzdžiui, Vibrio, Listeria, ir hepatito A. infekciniu dozių, daugelis šių patogenų yra labai mažas (~ 10 Bakterinės ląstelės), didinti pagyvenusių žmonių, kūdikiams ir žmonių su imunologinių trūkumai arba organo pažeidžiamumą transplantatams.