1）それぞれのヌクレオチドまたはアミノ酸は自然界で発生する異なる配列で、そのサイトで最も頻繁に発生するものとなっている理論上の代表的なヌクレオチドまたはアミノ酸配列を。フレーズは、また理論的なコンセンサスを近似する実際の配列を指す。知られている保存配列のセットは、コンセンサス配列で表されます。一般的に観測された超二蛋白質の構造（アミノ酸のモチーフ）がよく保存された配列によって形成される。2）配列パターンは、シーケンス内の各位置で発生する可能性が最も高いのヌクレオチドまたはアミノ酸を表す複数の配列のアライメントから導出。