Chez les animaux avec trois couches de tissus (c'est-à-dire tous sauf les éponges et cnidaires), la couche intermédiaire de tissu, entre l'ectoderme et l'endoderme. Par exemple, chez les vertébrés, le mésoderme forme le squelette, muscles, coeur, rate et beaucoup d'autres organes internes.