Elintarvikkeiden mikro-organismien esiintyminen on luonnollista ja väistämätön esiintyminen. Keitto yleensä tuhoaa useimmat haitallisten bakteerien, mutta alikypsennetty elintarvikkeisiin, valmis nautittavaksi elintarvikkeissa ja vähän elintarvikkeissa voi sisältää haitallista bakteeria, jotka ovat vakavien terveysuhkien. Maitotuotteiden, lihan ja siipikarjatuotteiden ovat tärkeitä altaiden monille elintarvikevälitteisten patogeenien, mukaan lukien Salmonella, Campylobacter, Listeria ja Escherichia coli O157:H7. Sivutuotteiden, kuten syötteen täydennykset, voivat toimittaa myös taudinaiheuttajien elintarvikkeiden eläinten (esimerkiksi salmonellan ja naudan spongiformisen enkefalopatian). Seafood on toinen mahdollinen tietolähde elintarvikevälitteisten patogeenien, kuten Vibrio, Listeria, ja hepatiitti A. tarttuvaa annosta monien näiden patogeenien ovat erittäin alhainen (~ 10 bakteerisoluista), vanhusten, imeväisille ja vammaisten immunologisten puutteita tai elimen kiihtyvä koulittujen.