Mikroorganismide ja nende elu- ja nonliving keskkondades omavahelisi uuring. Mikroobide populatsiooni on võimelised taluma ja erinevaid keskkonnatingimusi, sealhulgas elupaikade äärmuslikud ilmastikutingimused nagu hot springs, mille alusel kasvatamiseks sool järvede ja süvamere termilise õhuavad. Mõned mikroorganismid, extremophiles, edaspidi kasvama ainult tingimustel, mis on tavaliselt loetakse vaenulikud elu. Archaebacteria (Arhed) on palju extremophiles, mis kasvavad kõrge temperatuuri, kõrge salinities ja madala pH. Mõistmise kontrollimine mikroobse keskkonnategurite majanduskasvu ja ellujäämise pakub uimastikasutamise mikroorganismide iseloomuga levikut ja mikroobse ökoloogia mitmeid uuringuid on seotud läbivaatamise kohanduvate funktsioonid, mis võimaldavad eelkõige mikroobse liikide elupaikade eelkõige toimima.