Mikroorganismide toidus on looduslikud ja vältimatu esinemise. Üldiselt toiduvalmistamis hävitab enamik kahjulike bakterite, kuid undercooked toidud, töödeldud valmis-valmistoitu ja invasiivsetes töödeldud toidud võib sisaldada kahjulikke baktereid, mis on tõsiste terviseohtude. Piima-, liha- ja linnulihatoodete on oluline reservuaaride paljude toidust põhjustatud patogeenide, sealhulgas Salmonella, Campylobacter, Listeria ja Escherichia coli O157:H7. Loomsete kõrvalsaaduste, nagu sööda toidulisandid, võib edastada ka patogeenide toidu loomade (näiteks Salmonella ja veiste spongioosne entsefalopaatia). Seafood on toidust põhjustatud patogeenide, näiteks Vibrio, Listeria, teise võimalikku allikas ja hepatiidi A. nakkuslikku doosi paljud nende patogeenide on väga väike (~ 10 bakterirakkudes) süvenev haavatavus vanuritele, imikute ja inimestele, immunoloogilisi puudused või elundi siirikelundid.