Η παρουσία των μικροοργανισμών στα τρόφιμα είναι ένα φυσικό και αναπόφευκτο εμφάνιση. Μαγείρεμα γενικά καταστρέφει πιο επιβλαβή βακτήρια, αλλά μη επαρκώς μαγειρεμένο τρόφιμα, μεταποιημένα τρόφιμα έτοιμα για κατανάλωση και ελάχιστες μεταποιημένα τρόφιμα μπορούν να περιέχουν επιβλαβή βακτήρια που είναι απειλές για την υγεία σοβαρά. Κρέατος, γαλακτοκομικών προϊόντων, και προϊόντων πουλερικών είναι σημαντικό ταμιευτήρων για πολλές από τις τροφογενείς παθογόνων, συμπεριλαμβανομένης της σαλμονέλας, Campylobacter, Listeria και Escherichia coli O157:H7. Ζωικών υποπροϊόντων, όπως διατροφικά συμπληρώματα, μπορεί επίσης να διαβιβάζει παθογόνων παραγόντων στα ζώα τροφίμων (για παράδειγμα, τη σαλμονέλα και τη σπογγώδη εγκεφαλοπάθεια των βοοειδών). Θαλασσινά είναι μια άλλη πιθανή πηγή τροφογενών παθογόνων παραγόντων, όπως το Vibrio, Listeria, και A. δόσεις λοιμώδη ηπατίτιδα πολλών από αυτά τα παθογόνα είναι πολύ χαμηλή (~ 10 βακτηριακά κύτταρα), αυξάνοντας την ευπάθεια των ηλικιωμένων, βρέφη, και άτομα με ανοσολογική ελλείψεις ή όργανο μεταμόσχευση.