Die Untersuchung der Zusammenhänge zwischen Mikroorganismen und ihre lebenden und nichtlebenden Umgebungen. Mikrobiellen Populationen sind in der Lage zu tolerieren und wachsen unter unterschiedlichen Umweltbedingungen, einschließlich Lebensräume mit extremen Umweltbedingungen wie Thermalbad, Salz Seen und Tiefsee-Hydrothermalquellen. Einige Mikroorganismen, die als Extremophile, wachsen nur unter Bedingungen, die in der Regel als feindlich gegenüber Leben. Der Archaengenome mit einem Zellkern (Archaea) haben viele Extremophile, die bei hohen Temperaturen, hohen Salinities und niedrigen pH-Wert wachsen. Verständnis der Umweltfaktoren Steuern mikrobielle Wachstum und Überleben bietet Einblick in die Verteilung der Mikroorganismen in der Natur, und viele Studien in Mikrobielle Ökologie befassen sich mit Prüfung die adaptiven Funktionen, die bestimmte mikrobielle Spezies insbesondere Lebensräume Funktion zu ermöglichen.