Tilstedeværelsen af mikroorganismer i fødevarer er en naturlig og uundgåelig forekomst. Madlavning generelt ødelægger de fleste skadelige bakterier, men undercooked fødevarer, forarbejdede klar til at spise fødevarer og minimalt forarbejdede fødevarer kan indeholde skadelige bakterier, der er alvorlige sundhedstrusler. Kød, mejeriprodukter, og fjerkræprodukter er vigtigt reservoirer for mange af de levnedsmiddelbårne patogener, herunder Salmonella, Campylobacter, Listeria og Escherichia coli O157:H7. Animalske biprodukter, såsom foder kosttilskud, kan også overføre patogener til fødevarer dyr (f.eks. Salmonella og bovin spongiform encephalopati). Seafood er en anden potentiel kilde af levnedsmiddelbårne patogener, såsom Vibrio, Listeria, og Hepatitis A. smitsom doser af mange af disse patogener er meget lav (~ 10 bakterielle celler), øge den ældre, spædbørn og folk med immunologiske mangler eller orgel sårbarhed rodskårne.