Format a mitjans de la dècada de 1980 per 2 Indonèsia clergues, JI esdevenir una organització terrorista quan un dels fundadors, Abdullah Sungkar, va entrar en contacte amb Osama bin Laden i al Qaida. JI disposa des de l'expansió d'incloure les cèl lules terroristes en tots els països del Sud-est d'Àsia i Austràlia. El principal objectiu de l'organització és la creació d'un unificat sud-est asiàtic estat islàmic que volen s'estenen al sud de Tailàndia, a través de la península de Malacca, que abasta Singapur i a través de l'arxipèlag indonesi a les Filipines del Sud. Són més actius a Indonèsia, Malàisia, Tailàndia i les Illes del Sud de l'Argentina, on afirmen lliurar guerra Santa contra agents de "L'imperialisme occidental" i altres que es resisteixen a seu moviment.

Actualment dirigida per clergue Abu Bakar Bashir, el JI es creu que és responsbile per a l'octubre, 2002 atemptats a Bali, l'atemptat Marriott a agost 2003 i un complot fracassat per bomba U.S. i israelians ambaixades i els edificis diplomàtics britànics i Austràlia a Singapur al desembre de 2001.