Наличието на микроорганизми в храната е естествено и неизбежно наличие. Готвене обикновено разрушава повечето вредни бактерии, но undercooked, преработени храни, готови за консумация и браузване преработени храни могат да съдържат вредни бактерии, които са сериозни заплахи. Месо, млечни продукти, и птичи продукти са важни резервоари за много от храните патогени, включително салмонела, Campylobacter, с листерия и Escherichia coli O157:H7. Животински странични продукти, като фуражни добавки, също могат да предават патогени за храни на животни (например, салмонела и спонгиформна енцефалопатия по говедата). Морски дарове е друг потенциален източник на храните патогени, като например Vibrio, с листерия, и хепатит а. инфекциозни дози от много от тези патогени, са много ниски (~ 10 бактериалните клетки), увеличаването на уязвимостта на възрастните хора, деца и хора с имунологични недостатъци или орган transplants.