وجود الكائنات المجهرية في الأغذية تواجد الطبيعية ولا تجنبها. الطبخ عموما يدمر معظم البكتريا الضارة، ولكن الأطعمة أونديركوكيد والأغذية المجهزة جاهزة للأكل والأغذية المجهزة الحد الأدنى يمكن أن تحتوي على البكتيريا الضارة التي تشكل إخطارا صحية خطيرة. اللحوم والألبان، ومنتجات الدواجن من الخزانات هامة للعديد من مسببات الأمراض المنقولة عن طريق الأغذية، بما في ذلك السالمونيلا، كومبايلاباكتر، الليستيريا، و O157:H7 الإشريكيّة القولونية. المنتجات الحيوانية، مثل تغذية الملاحق، قد يحيل أيضا مسببات الأمراض للحيوانات الغذائية (على سبيل المثال، السالمونيلا والدماغ الاسفنجي). المأكولات البحرية مصدر محتمل آخر لمسببات الأمراض المنقولة عن طريق الأغذية، مثل الضمة، الليستيريا، والتهاب الكبد الوبائي (أ) المعدية جرعة من العديد من هذه العوامل الممرضة منخفضة جداً (الخلايا البكتيرية~ 10)، زيادة التعرض للمسنين والأطفال الرضع، والشعب مع أوجه القصور المناعي أو الجهاز زرع.